2003年栖霞区行政区划（根据《江苏省2003年底村及村以上代码》整理）
尧化街道：辖社区居委会（尧化、尧石二村、尧安新村、尧建新村、计算新村、尧辰、尧新、尧化新村、仙林新村）；村委会（尧胜、王子楼、吴边、仙林第二行政村、仙林第三行政村）。
马群街道：辖社区居委会（马群、青马、果场）；村委会（大庄、狮子坝、黄庄、马群、石坝、百水桥、花岗）。
迈皋桥街道：辖社区居委会（长营村、南塑、合班村、金宁新村、十字街、东井村、晓庄、华电新村、迈皋桥街、和燕小区、万寿村、兴卫村）；村委会（迈皋桥、兴卫、万寿、奋斗）。
燕子矶街道：辖社区居委会（太平村、晓庄、幕府山庄、吉祥庵、钟化村、南化新村、电瓷新村、石化村、化纤新村、燕子矶、燕华）；村委会（燕子矶、下庙、柳塘）。
栖霞街道：辖社区居委会（石埠桥、银矿地质、栖霞街、滨江、南炼新村、南水新村、栖化新村、甘家巷、东阳街、西岗、江南水泥厂）；村委会（衡阳、十月、石埠桥、栖霞、林山、钱家渡、新合、东湖、漳桥、四段圩、红梅、西花、上前、西湖、朝阳、摄山、东阳）。
靖安镇：辖社区居委会（长江、营防）；村委会（营防、大棚、南中、飞花、上坝、长江、马渡、太平、靖安、联盟、孙庄、滨江、陈店）。
龙潭镇：辖社区居委会（花园、中国水泥厂、锥子山、河北、进士坊）；村委会（兴隆、宣闸、花园、上首、龙潭、三官、临江）。
八卦洲镇：辖村委会（上坝、大同、永宁、五四、中桥、外沙、光明、下坝、东江、新闸、长江、七里）。
此外：南京经济技术开发区、龙潭监狱、栖霞区技术经济开发区、南京龙潭物流园、南京市靖安三江口工业园区、南京迈皋桥创业园、南京市马群科技园。