1996年1月1日,国务院批准(国函[1996]1号):设立阜阳市颍州区,区人民政府驻颍南大道,颍州区辖鼓楼、颍西、清河3个街道办事处和王店、程集、西湖、九龙、三十里铺、马寨6个乡镇。
1996年底,全区面积481平方千米,总人口55.4万人,其中农业人口41.1万人,非农业人口14,3万人。辖4街道4镇2乡:鼓楼街道、颍西街道、清河街道、文峰街道、程集镇、王店镇、西湖镇、九龙镇、马寨乡、三十里铺乡。
2000年第五次人口普查,全区总人口582400人,其中:鼓楼街道43160人,文峰街道97502人,清河街道44425人,颍西街道68152人,王店镇64517人,程集镇37714人,三合镇31705人,西湖镇41212人,九龙镇37493人,三十里铺镇45711人,马寨乡39907人,京九路虚拟街道30902人。
2004年底,颍州区总面积496平方千米,总人口61万人,辖4个街道、6个镇、1个乡。
2006年,经安徽省政府同意,安徽省民政厅《关于同意将阜南县袁集镇划归阜阳市颍州区管辖的批复》文件批准同意将阜南县袁集镇整建制划归颍州区管辖。10月10日,阜阳市政府举行交接会议,将阜南县袁集镇正式划归颍州区管辖。调整后的颍州区共辖13个乡、镇、办事处,237个村,面积591.3平方千米,人口68.29万人。袁集镇位于阜阳市近郊,距阜阳市10千米,人口4.5万人。