境内原系梭磨土司的部分属地和卓克基、松岗、党坝三个土司（统称四土地区）所辖。1951年成立四土阿坝临时军政委员会，1953年成立马尔康办事处，1955年设县。因玛康寺而得名。玛康为一活佛的名字，藏语意为火苗旺盛，引早为兴旺发达之地。1957年将四寨、壤口、龙日析出划归红原县。
1996年，马尔康县面积6346平方千米，人口5.4万。辖1个镇、13个乡：马尔康镇、卓克基乡、梭磨乡、松岗乡、白湾乡、党坝乡、木尔宗乡、脚木足乡、沙尔宗乡、大藏乡、龙尔甲乡、草登乡、康山乡、日部乡。县政府驻马尔康镇。
2000年第五次人口普查，马尔康县常住总人口55046人，其中：马尔康镇25337人，卓克基乡1281人，梭磨乡2515人，松岗乡2282人，白湾乡2815人，党坝乡2733人，木尔宗乡1313人，脚木足乡3602人，沙尔宗乡2234人，龙尔甲乡1897人，大藏乡1109人，康山乡1718人，草登乡3194人，日部乡3016人。
2004年，马尔康县辖马尔康、卓克基、松岗3个镇和梭磨、白湾、党坝、木尔宗、脚木足、沙尔宗、龙尔甲、大藏、康山、草登、日部11个乡。
2010年第六次人口普查，马尔康县常住总人口58437人，其中：马尔康镇29535人，卓克基镇1012人，松岗镇2104人，梭磨乡2795人，白湾乡2990人，党坝乡2698人，木尔宗乡1359人，脚木足乡3302人，沙尔宗乡2126人，龙尔甲乡1527人，大藏乡1067人，康山乡1599人，草登乡2953人，日部乡3370人。