因县西有凤凰山，上有凤凰营，故名。隋为辰溪县地。唐置渭阳县。宋废渭入麻阳县。元为五寨司，属思州军民安抚司。明分属五寨、裡子坪2个长官司、均属保靖州军民宣慰使司。清康熙三十九年（1700）置凤凰厅，1913年为凤凰县至今。
1996年，凤凰县面积1757平方千米，人口约34.8万人，其中苗族占51%。辖9个镇、22个乡：沱江镇、廖家桥镇、木江坪镇、阿拉营镇、茶田镇、吉信镇、山江镇、腊尔山镇、禾库镇、水打田乡、林峰乡、都里乡、七良桥乡、官庄乡、桥溪口乡、落潮井乡、新场乡、黄合乡、茨岩乡、大田乡、三拱桥乡、竿子坪乡、两头羊乡、火炉坪乡、千工坪乡、木里乡、麻冲乡、板畔乡、两林乡、柳薄乡、米良乡。县政府驻沱江镇。
2000年第五次人口普查，凤凰县总人口343878人，其中：沱江镇44004人，廖家桥镇17322人，木江坪镇9572人，阿拉营镇15921人，茶田镇12307人，吉信镇12260人，山江镇11569人，腊尔山镇15755人，禾库镇12783人，齐良桥乡9952人，官庄乡9385人，桥溪口乡8218人，水打田乡10077人，林峰乡10117人，都里乡9630人，落潮井乡12553人，新场乡12065人，茨岩乡11202人，黄合乡10663人，大田乡5882人，三拱桥乡8903人，竿子坪乡8915人，两头羊乡2290人，火炉坪乡2060人，麻冲乡9570 板畔乡4547人，千工坪乡12482人，木里乡10590人，两林乡11495人，柳薄乡7240人，米良乡4549人。
2004年，凤凰县9个镇、22个乡：沱江镇、廖家桥镇、木江坪镇、阿拉营镇、茶田镇、吉信镇、山江镇、腊尔山镇、禾库镇、齐良桥乡、官庄乡、桥溪口乡、水打田乡、林峰乡、都里乡、落潮井乡、新场乡、茨岩乡、黄合乡、大田乡、三拱桥乡、竿子坪乡、两头羊乡、火炉坪乡、麻冲乡、板畔乡、千工坪乡、木里乡、两林乡、柳薄乡、米良乡。
2005年，凤凰县调整乡镇行政区划：撤销1个乡，将6个乡、5个镇合并设立5个镇，调整2个乡、1个镇的部分行政区域，共减少7个乡。具体调整如下：齐良桥乡、沱江镇合并设立沱江镇，镇政府驻凤凰路；黄合乡、阿拉营镇合并设立阿拉营镇，镇政府驻阿拉营；桥溪口乡、木江坪镇合并设立木江坪镇，镇政府驻木江坪；板畔乡、山江镇合并设立山江镇，镇政府驻山江；火炉坪乡、两头羊乡、吉信镇合并设立吉信镇，镇政府驻吉信；撤销大田乡，将其2个建制村划入吉信镇，其余5个建制村划入三拱桥乡；将木里乡1个建制村划入吉信镇。2005年末，凤凰县辖9个镇、15个乡。
2010年，将凤凰县竿子坪乡的湾溪、木林坪、牯牛坪、捧捧坳4个行政村划归吉首市乾州街道管辖。