宁安，原名“宁古塔”。清初流人方拱乾撰《绝域纪略》载：“相传当年曾有六人坐于阜，满呼六为宁公、坐为特，故曰宁公特，一讹为宁公台，再讹为宁古塔矣。”新编《宁安县志》称：“‘宁古’为满语，汉译为‘六’或‘六个’，‘塔’是满语‘特’的讹音，汉译为‘居址’，合译‘六居址’，是指当时宁古塔地面上的六个大部落而言。”
宁古塔是满族的祖居地之一。汉晋为北沃沮之地，南北朝属勿吉，隋初称靺鞨。公元698年（唐圣历元年），粟末靺鞨首领大祚荣据东牟山（今吉林省敦化市境内），建立震国，仍称靺鞨，史称“旧国”。713年（唐开元元年），唐朝玄宗皇帝册封大祚荣为左骁卫大将军、渤海郡王（遂去靺鞨号），以其辖区置忽汗州，授其都督实职，亦称“渤海都督”。755年（唐天宝十四年），渤海三世王大钦茂从“旧国”迁都于上京龙泉府（忽汗城，今渤海镇），历时171年。辽属东京道，金属胡里改路，元属辽阳行省开元路，明属奴儿干都司阿速河卫。
清初，1653年6月（清顺治十年五月），设置宁古塔昂邦章京。1662年（清康熙元年），将宁古塔昂邦章京改为“镇守宁古塔等处地方将军”。将军衙门始驻宁古塔旧城（今海林市旧街乡古城村），后因水患和为抗击沙俄用兵需要，1666年（清康熙五年），于牡丹江边觉罗城西南5里处修筑新城（今宁安镇）。新城告竣后，将军衙门从旧城迁至宁古塔新城，是清代边外七大重镇之一。1676年（清康熙十五年），宁古塔将军衙门移驻吉林乌拉城，留协领萨布素镇守宁古塔地方。1678年（清康熙十七年），萨布素升任宁古塔副都统，宁古塔正式设副都统衙门。1727年1月（清雍正四年十二月），于宁古塔设置泰宁县，隶属奉天府，专理汉人民事，与专理满人旗务的副都统同城治事；因距奉天府甚远，领属不便，1729年5月（清雍正七年四月）裁撤泰宁县。
1903年1月11日（清光绪二十八年十二月十三日）奏准，于宁古塔副都统辖区的三岔口（今东宁县三岔口镇）设置绥芬厅，同年3月（清光绪二十九年二月）委官试署。1909年6月2日（清宣统元年四月十五日），将绥芬厅升改为绥芬府，移驻宁古塔城。隶属吉林省东南路道。与此同时，裁撤宁古塔副都统。1910年5月（清宣统二年四月），以府治移驻宁古塔城，就宁古塔取义，改为宁安府。中华民国成立后，1913年3月，将宁安府改为宁安县。1914年6月，隶属吉林省延吉道。1929年2月，撤销道的建制，改由吉林省直辖。是时，全县总人口17万余人，为一等县。东北沦陷后，初隶吉林省，1934年12月划归滨江省，1937年7月划归新设之牡丹江省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后，1946年4月，宁安县隶属绥宁省管辖。同年8月，将县境北部的新安镇、海林、横道河子等地区划出，设置新海县（县址海林街）。同年10月，撤销绥宁省，改隶牡丹江专区。1947年5月，将世环镇、镜泊、沙兰等地区划出，设置镜泊县（县址世环镇）。同年10月，隶属牡丹江省。1948年7月，撤销牡丹江省，划归松江省管辖。同年10月，撤销镜泊县，并入宁安县。1954年8月，松、黑两省合并后，由黑龙江省直辖。1956年3月，设立牡丹江专区，将宁安县划归牡丹江专区管辖，同时将原海林县西部地区划归宁安县管辖。1960年1月至1962年9月，曾将宁安县划归牡丹江市领导。1962年10月，将原海林县并入宁安县和林口县的行政区域划出，恢复海林县。1983年9月3日，国务院批准，撤销牡丹江地区，实行地市合并，宁安县再度划归牡丹江市领导。
镜泊湖是国家重点名胜风景自然保护区之一。为了加强自然保护区的管理，1986年7月1日，国务院批准，将宁安县西南部镜泊湖地区（包括镜泊乡、杏山乡、沙兰镇山区的小北湖林场和尔站地区、渤海镇的1个街道及8个村）划出，设置镜泊湖市（县级），市政府驻渤海镇。由牡丹江市代管。但因某些意见不一致，市的建制未正式设立。1987年11月27日，国务院根据黑龙江省人民政府的请求，同意撤销镜泊湖市的建制，原拟划归镜泊湖市管辖的行政区域仍归宁安县管辖。
1992年末，宁安县位于黑龙江省东南部，张广才岭和老爷岭之间的牡丹江上游谷地。东邻穆棱县，东南与吉林省汪清县接壤，西南与吉林省敦化市毗连，西与海林市以分水岭分界，北抵牡丹江市。县境南北长约100千米，东西宽约140千米，总面积7856平方千米。总人口43.5万人，其中非农业人口14.7万人。满、朝鲜、回、蒙古等少数民族人口约占总人口19%，其中满族和朝鲜族分别占总人口的8.8%和7.8%。辖19个乡镇，其中建制镇6个、朝鲜民族乡3个。县政府驻地宁安镇。（以上摘自《黑龙江省志·地名录》，有改动）
1993年2月12日，民政部批复（民行批[1993]9号）撤销宁安县，设立宁安市。
2000年，宁安市辖7个镇、12个乡：渤海镇、宁安镇、东京城镇、石岩镇、沙兰镇、海浪镇、兰岗镇、镜泊乡、马河乡、江东乡、范家乡、宁西乡、平安乡、兴华乡、三陵乡、杏山乡、卧龙朝鲜族乡、城东朝鲜族满族乡、江南朝鲜族满族乡。
2000年第五次人口普查，宁安市总人口437328人，其中：宁安镇75064人，东京城镇19639人，渤海镇23793人，石岩镇19322人，沙兰镇30285人，海浪镇25467人，兰岗镇13677人，范家乡18267人，江东乡8114人，江南朝鲜族满族乡27063人，宁西乡14584人，平安乡9630人，兴华乡6108人，卧龙朝鲜族乡21581人，城东朝鲜族满族乡20325人，马河乡21021人，杏山乡13927人，镜泊乡26581人，三陵乡13825人，东京城林业局23020人，宁安农场6035人。
2010年9月2日，《黑龙江省民政厅关于调整牡丹江市部分行政区划的批复》（黑民区[2010]102号）：经省政府同意，将宁安市宁安镇富民村、双龙村、桥头村划归牡丹江市西安区温春镇管辖。2011年7月14日，《黑龙江省民政厅关于将宁安市江南朝鲜族满族乡部分村划归宁安镇管辖的批复》：同意将宁安市江南朝鲜族满族乡张家村、镇江村、江南村、新安村、小唐村、黄旗村、明星村划归宁安市宁安镇管辖。
宁安市现辖1个街道、7个镇、5个乡（其中3个民族乡）：城区街道、宁安镇、东京城镇、渤海镇、石岩镇、沙兰镇、海浪镇、兰岗镇、江南朝鲜族满族乡、卧龙朝鲜族乡、马河乡、镜泊乡、三陵乡。
2005年，宁安市辖1个街道、7个镇、2个乡、3个民族乡。境内有东京城林业局。（由www.根据《牡丹江市2005年代码》整理）城区街道（231084001） 辖6个社区：文庙社区、东关社区、乐园社区、西关社区、虹桥社区、铁工社区。
宁安镇（231084100） 辖27个村委会：利民村、伊家村、河西村、红城村、临城村、临江村、红升村、新胜村、向阳村、兴盛村、兴林村、柳林村、教育村、三合村、长江村、桥头村、富民村、联合村、双桥子村、黄旗沟村、上赊里村、福荣村、范家村、茂盛村、共和村、葡萄沟村、双龙村。
东京城镇（231084101） 辖3个社区、15个村委会：和平社区、铁东社区、建园社区、于家村、镇兴村、糖坊村、东京村、中马河村、牛场村、兴安村、光明村、下窨子村、东康村、下马河村、大荒地村、哈达村、烽火村、红兴村。
渤海镇（231084102） 辖2个社区、28个村委会："新园社区、古都社区、渤海村、上京村、龙泉村、双庙子村、西地村、白庙子村、拐弯村、土台子村、江西村、响水村、瀑布村、上官地村、东珠村、莲花一村、莲花二村、莲花三村、杏山村、富安村、小三家子村、大三家子村、太平沟村、梁家村、小朱家村、上屯村、湖沿村、湖北村、青山村、繁荣村。
石岩镇（231084103） 辖18个村委会：石岩村、幸福村、四合村、爱路村、前进村、拥军村、东和村、民主村、团山子村、腰岭村、永富村、平安村、丰产村、和平村、东华村、建设村、乐园村、民安村。
沙兰镇（231084104） 辖18个村委会：治安村、永明村、长安村、新富村、进荣村、二闾村、桦树村、二道沟村、木其村、王家村、和盛村、卧龙泉村、三块石村、阎家村、王豆坊村、井城村、小荒地村、同心村。
海浪镇（231084105） 辖32个村委会：海浪村、安青村、高家村、兰旗村、牡北村、太平村、光荣村、东炉村、前阳村、后地村、敖东村、二洼村、五道梁子村、羊草村、安平村、三道梁子村、七道梁子村、八道梁子村、九道梁子村、宁西村、林富村、盘岭村、庆城村、镇北村、岔路村、大依兰村、大牡丹村、小牡丹村、长胜村、大生村、北山村、依兰岗满族村。
兰岗镇（231084106） 辖10个村委会：兰岗村、文化村、东升村、新农村、民和村、牡丹村、新中村、依兰村、自兴村、永政村。
江南朝鲜族满族乡（231084202） 辖31个村委会：江南村、新安村、新兴村、镇江村、新城村、勇进村、嘎斯村、榆林村、大唐村、宝山村、东安村、四方村、马家村、小唐村、东升村、新顺村、永胜村、明星村、黄旗村、张家村、永安村、解放村、双富村、东兴村、星光村、缸窑村、宁东村、清泉村、簸箕村、永乐村、福兴村。
卧龙朝鲜族乡（231084206） 辖13个村委会：卧龙村、罗城沟村、前三家子村、三道湾村、新政村、勤劳村、明泉村、爱林村、杏花村、英山村、西岗子村、三道河子村、农场。
马河乡（231084208） 辖16个村委会：马莲河村、新立村、马河村、红光村、黎明一村、金坑村、跃进村、东烧锅村、后斗村、前斗村、头道村、四道村、鹿道村、富路村、松岭村、五道河子村。
镜泊乡（231084210） 辖17个村委会：镜泊村、湾沟村、复兴楼村、后渔村、庆丰村、五峰楼村、永丰村、湖南村、金家村、褚家村、北石村、湖西村、城子村、良种场、东大泡村、小夹吉河村、江北村。
三陵乡（231084211） 辖18个村委会：三陵村、三星村、南阳村、西崴子村、东沟村、胡家村、连家村、贝家村、爬梨沟村、八家子村、北湖村、兴华村、兴隆店村、红旗村、小兰旗沟村、红土村、泉眼沟村、胡家沟村。
东京城林业局（231084400） 辖23个居委会：第一～第二十三居委会。