2000年6月15日，吉林省民政厅（吉民行批[2000]4号）批复，经省政府批准，同意撤销城南乡，将其所辖行政区域划归海龙镇管辖；撤销花园朝鲜族乡，将其所辖行政区域划归山城镇管辖；乡镇合并后，镇政府驻地不变，合并后的山城镇按民族乡镇对待；至此，梅河口市辖5个街道、14个镇、10个乡、1个民族乡。同年第五次人口普查，全市总人口617674人，其中：新华街道76444人、和平街道49070人、光明街道18616人、解放街道31726人、福民街道30425人、山城镇43647人、海龙镇43037人、红梅镇51982人、新合镇28057人、野猪河镇8372人、曙光镇14097人、中和镇14196人、黑山头镇12548人、水道镇10756人、进化镇12945人、一座营镇11597人、康大营镇13308人、牛心顶镇12008人、大湾镇9690人、双泉乡5717人、义民乡12378人、杏岭乡17509人、李炉乡9770人、四八石乡11797人、湾龙乡20228人、双兴乡13894人、兴华乡11122人、小杨满族朝鲜族乡9647人、姜家街乡4732人、吉乐乡8359人。
2002年6月14日，吉林省民政厅（吉民行批[2002]5号）批复，经省政府批准同意撤销四八石乡，将其所辖行政区域划归红梅镇管辖。
2002年末，梅河口市总人口61.8万人，其中非农业人口26.1万人。辖5个街道、14个镇、10个乡：新华街道、解放街道、和平街道、福民街道、光明街道、山城镇、海龙镇、红梅镇、新合镇、曙光镇、中和镇、进化镇、一座营镇、水道镇、野猪河镇、康大营镇、牛心顶镇、大湾镇、黑山头镇、李炉乡、双泉乡、杏岭乡、双兴乡、兴华乡、姜家街乡、吉乐乡、小杨满族朝鲜族乡、湾龙乡、义民乡。其中，和平街道、解放街道、福民街道委托梅河口市经济贸易开发区管理。
2005年2月5日，吉林省民政厅（吉民行批[2005]2号）批复，经省政府批准，同意撤销野猪河镇、双泉乡，将其所辖行政区域划归牛心顶镇管辖；撤销义民乡，将其所辖行政区域划归杏岭乡管辖；梅河口市由24个乡镇调整为21个，乡镇平均面积为100.4平方千米、平均人口为21465人。同年9月9日，吉林省民政厅（吉民行批[2005]25号）批复，经省政府批准，同意撤销姜家街乡，将其所辖行政区域划归小杨满族朝鲜族乡管辖；撤销大湾镇，将其所辖行政区域划归山城镇管辖（享受民族乡待遇）（10月山城镇完成与大湾镇的合并）。2005年末，全市辖5个街道、12个镇、6个乡、1个民族乡：新华街道、解放街道、和平街道、福民街道、光明街道、山城镇、海龙镇、红梅镇、新合镇、曙光镇、中和镇、进化镇、一座营镇、水道镇、康大营镇、牛心顶镇、黑山头镇、李炉乡、杏岭乡、双兴乡、兴华乡、吉乐乡、小杨满族朝鲜族乡、湾龙乡。共有303个行政村、27个社区。
2009年，梅河口市总面积2174平方千米，城区规划面积81平方千米，城市建设用地47.5平方千米，建成区面积22.2平方千米；总人口62万人，其中城区人口25万人。辖24个乡镇（街），303个行政村。吉林梅河口经济开发区（省级）规划面积11.14平方千米。