2006年，五指山市辖4个镇、3个乡：冲山镇、南圣镇、毛阳镇、番阳镇，畅好乡、毛道乡、水满乡。共有4个社区、59个行政村。境内有1个国有农场（国营畅好农场）。（根据《海南省行政区划代码（2006年4月）》整理）
冲山镇 辖4个社区、16个行政村：河北东社区、河北西社区、河南东社区、河南西社区、番茅村、什保村、福关村、红雅村、福利村、牙日村、应示村、番慢村、福安村、番香村、牙畜村、报龙村、太平村、什会村、番寨村、南定村。
南圣镇 辖6个行政村：南圣村、红合村、什兰村、牙南村、同甲村、毛祥村。
毛阳镇 辖13个行政村：牙合村、毛旦村、毛辉村、什稿村、毛阳村、牙力村、毛栈村、牙胡村、空联村、什益村、毛兴村、毛贵村、毛路村。
番阳镇 辖5个行政村：番阳村、孔首村、毛组村、布伦村、加艾村。
畅好乡 辖10个行政村：草办村、畅好村、番贺村、番通村、什哈村、什奋村、毛召村、什冲村、保国村、番好村。
毛道乡 辖4个行政村：毛道村、毛枝村、毛卓村、红运村。
水满乡 辖5个行政村：方龙村、新村村、水满村、毛脑村、牙排村。
（根据《海南省行政区划代码（2006年4月）》整理）