战国时属秦国地，秦统一后置富平县（驻地在今市区西南）。西汉时置灵洲，吴忠归其管辖。北魏时属薄骨律镇。后改为灵州。北周属回乐县。隋唐时属灵州。宋咸平五年（1002年），灵州为党项族占领，废州改称西平府，为西夏建国时的临时首府，后又改称灵州。元属宁夏府路灵州。明属陕西布政使司宁夏镇下的灵州守御千户所。清属甘肃省宁夏府灵州。中华民国成立后，改宁夏府为朔方道，亦称宁夏道。1913年改灵州为灵武县时，今吴忠市除原金积县所辖部分外，均属灵武县，隶属宁夏道。1929年，宁夏道建为宁夏省。
1950年1月在灵武县西部置吴忠市，驻吴忠镇，直属宁夏省管辖。1954年4月，宁夏省河东回族自治区成立，吴忠市归其管辖。1954年秋，宁夏省撤销并入甘肃省，宁夏省河东回族自治区改为甘肃省河东回族自治区，次年，又改为甘肃省吴忠回族自治州。1958年，宁夏回族自治区成立，吴忠回族自治州撤销，吴忠市直属自治区管辖。1960年9月，金积县撤销，该县的大部分（东南部）划归吴忠市。1963年改置为吴忠县。1972年宁夏回族自治区银南地区成立，吴忠县归属其管辖。
1983年撤销吴忠县，恢复吴忠市（县级），市人民政府驻吴忠镇。
1998年5月11日，国务院批准（国函[1998]33号）：撤销银南地区和县级吴忠市，设立地级吴忠市，吴忠市新设利通区。1998年9月8日，利通区正式挂牌。