1998年5月11日，国务院批准（国函[1998]33号）：撤销银南地区和县级吴忠市，设立地级吴忠市，吴忠市新设利通区。1998年9月8日，正式挂牌。
2000年第五次全国人口普查，吴忠市总人口1906041人。其中：利通区303567人，红寺堡区51875人，中卫县320474人，中宁县249270人，盐池县153584人，同心县328741人，青铜峡市248640人，灵武市249890人。
2002年10月25日，宁夏回族自治区人民政府（宁政发[2002]92号）批准：将灵武市由吴忠市代管变更为由银川市代管。
2002年10月25日，宁夏回族自治区人民政府（宁政发[2002]93号）批准：将红寺堡开发区划归吴忠市管辖。
2003年12月31日，国务院（国函[2003]139号）批准，撤销中卫县，设立地级中卫市；并将吴忠市的中宁县划归中卫市管辖。
2009年，国务院批准同意设立吴忠市红寺堡区，以吴忠市红寺堡镇、太阳山镇、大河乡、南川乡的行政区域为红寺堡区的行政区域，区人民政府驻红寺堡镇。同时，宁夏自治区党委常委会研究通过《关于深化吴忠市行政管理体制改革的实施方案》，决定：设立吴忠市红寺堡区，成立红寺堡区委、人大、政府、政协四套班子及相关机构；设立吴忠市利通区四套班子及部门；在同心县、盐池县实行“省直管县”改革试点。