春秋时为羌族和戎族杂居地。秦属北地郡。汉属安定郡朐卷县。南北朝时属灵州薄骨律镇。隋属灵武郡丰安县。唐属西会州鸣沙县。宋、辽、西夏时期属西夏应理县。元属宁夏应理州。明废应理州，于建文元年（1399年）置宁夏中卫指挥使司，属陕西都指挥使，中卫之名由此始。清雍正三年（1725年）废卫置中卫县，属甘肃省宁夏府。1911年中卫属甘肃朔方道。
1933年，中卫县一分为二，在其东部新置中宁县。1941年，宁夏省将中卫县香山地区划出，设香山设治局。1945年，宁夏设置建了行政专员督察区，中卫属第二督察专员区。不久，香山设治局撤销，并入中卫县；专区也撤销，中卫县直属宁夏省。
1954年宁夏省撤销并入甘肃省，中卫县属甘肃省银川专区。1958年宁夏回族自治区成立，甘肃省银川专区撤销，中卫县直属自治区。1972年，银南地区成立，中卫归属其管辖。1998年银南地区撤地设市，中卫隶属吴忠市辖制。
2003年12月31日，国务院批准（国函[2003]139号），设立地级中卫市：（1）撤销中卫县，设立地级中卫市。（2）中卫市设立沙坡头区，以原中卫县的行政区划为沙坡头区的行政区划。区人民政府驻鼓楼西街。