1991年全县生产队改制为农业全作社。1993年全县乡镇、行政村、办事处未变，下辖1116个自然村，1481个合作社。1996年，文山县面积2976平方千米，人口约38.9万人，辖1个镇、10个乡、6个民族乡。？年，古木乡、平坝乡、马塘乡、德厚乡撤乡设镇。2000年，攀枝花乡撤乡设镇。2000年第五次人口普查，文山县常住总人口总人口429639人，其中少数民族234975，占54.69％，农业人口258846人，占人口总数60.24％。各乡镇人口（6个镇、11个乡）：开化镇62687人，攀枝花镇86453人，古木镇24285人，平坝镇34704人，马塘镇33418人，德厚镇34507人，东山彝族乡9382人，追栗街彝族乡10261人，柳井彝族乡14738人，新街乡14524人，小街乡22814人，老回龙乡19294人，喜古乡11510人，坝心彝族乡7056人，秉烈彝族乡22238人，红甸回族乡13042人，乐诗冲乡8726人。
？年，追栗街、小街乡、老回龙乡撤乡设镇。2000年8月，全县设9个镇、8个乡，125个村民委员会，5个居民委员会，1088个自然村，1531个合作社（生产队）。2001年，全县辖9个镇、3个乡、5个民族乡：开化镇、攀枝花镇、古木镇、平坝镇、马塘镇、德厚镇、追栗街镇、小街镇、老回龙镇、东山彝族乡、柳井彝族乡、新街乡、喜古乡、坝心彝族乡、秉烈彝族乡、红甸彝族乡、乐诗冲乡。
2004年1月12日，《关于撤销文山县开化镇攀枝花镇设立开化镇的批复》（云政复[2004]4号）：同意撤销文山县开化镇、攀枝花镇设立开化镇，镇人民政府驻原攀枝花镇政府驻地。2005年末，全县辖开化、古木、平坝、马塘、德厚、小街、追栗街、老回龙8个镇及新街、喜古、乐诗冲乡和东山、柳井、坝心、秉烈彝族乡、红甸回族乡8个乡，全县16个乡（镇）下设137个村（居）民委员会，其中：社区居民委员会16个、村民委员会121个，有1532个村民小组。
2006年5月12日，文山县人民政府《关于调整乐诗冲乡和老回龙镇行政区划的通知》：根据《云南省人民政府关于调整砚山等八个县部分乡镇行政区划的批复》（云政复[2006]25号），撤销乐诗冲乡和老回龙镇，设立薄竹镇，新设立的薄竹镇管辖原乐诗冲乡和老回龙镇的行政区域范围，镇政府驻原老回龙镇政府驻地（省政府2006年3月16日批准）。
2006年，文山县总面积3064平方千米。总人口43.88万人，其中少数民族约占54％。辖8个镇、7个乡（其中5个民族乡）：开化镇、古木镇、平坝镇、马塘镇、德厚镇、小街镇、追栗街镇、薄竹镇、东山彝族乡、柳井彝族乡、新街乡、喜古乡、坝心彝族乡、秉烈彝族乡、红甸回族乡。共有16个社区、121个行政村。县政府驻开化镇。
2010年第六次人口普查，文山县常住总人口481505人，其中：开化镇221301人，古木镇22263人，平坝镇31128人，马塘镇34522人，德厚镇33125人，小街镇22180人，薄竹镇27309人，追栗街镇9840人，东山彝族乡9458人，柳井彝族乡12392人，新街乡11131人，喜古乡9365人，坝心彝族乡5288人，秉烈彝族乡19871人，红甸回族乡12332人。
2010年12月2日，《民政部关于同意云南省撤销文山县设立文山市的批复》（民函[2010]295号）：经国务院批准，同意撤销文山县，设立文山市（县级），以原文山县的行政区域为文山市的行政区域。文山市人民政府驻开化镇。
2012年1月，撤销开化镇，设立开化、卧龙、新平3个街道（2月实施）。开化街道位于市区中心，辖北桥、梁子、振华、兴隆、螺峰、沙坝、大兴、西山、永通9个社区及铜厂、干河2个行政村；卧龙街道位于市区北部，区域内有州、市行政办公中心，辖高登、攀枝花、卧龙、文新街、七花5个社区及白沙坡、塘子寨、大以古3个行政村；新平街道位于市区南部，辖红旗、新平坝2个社区及里布嘎、迷洒、高末3个行政村。
全市辖3个街道、7个镇、7个乡（其中5个民族乡）：开化街道、卧龙街道、新平街道、古木镇、平坝镇、马塘镇、德厚镇、小街镇、薄竹镇、追栗街镇、东山彝族乡、柳井彝族乡、新街乡、喜古乡、坝心彝族乡、秉烈彝族乡、红甸回族乡。市政府驻卧龙街道建禾东路。2014年，平坝镇、马塘镇被列为全国重点镇。