1995年，设立柳林洲镇，以君山公园、君山芦渔场和君山农场的濠河分场、君山自然镇的区域为柳林洲镇的行政区域；设立林阁佬镇，以大湾芦苇场和君山农场的林阁分场、望城分场、君山芦苇场的区域为林阁佬镇的行政区域；设立五星乡，以君山农场的五星分场、新河分场和建新农场的区域为五星乡的行政区域；设立层山镇，以钱粮湖农场的层山自然镇、六门闸自然镇和一、三、六、十分场的区域为层山镇的行政区域；设立良心堡镇，以钱粮湖农场四、五、八分场的区域为良心堡镇的行政区域；设立银杯镇。以钱粮湖农场的二、七、九分场和采桑湖渔场的区域为银杯镇的行政区域。
1996年3月16日，国务院批准（国函[1996]16号）同意设立岳阳市君山区，君山区辖原郊区的柳林洲、林阁佬、五星3个乡和原华容县的层山、良心堡、银怀3个镇。区政府驻柳林洲镇。因境内有闻名中外的旅游胜地君山岛而得名。同年，将岳阳县的广兴洲镇、许市镇划归君山区管辖。
1996年11月，以君山农场为主体设立岳阳市君山区，包括原国营君山农场、国营钱粮湖农场、建新农场、君山公园和原岳阳县许市镇、广兴洲镇、广兴洲渔场、天井山林场等单位，原场属镇和分场相应成为君山区辖下的分场（镇）。全区辖7个镇、1个乡：柳林洲镇、林阁佬镇、层山镇、银杯镇、良心堡镇、广兴洲镇、许市镇、五星乡。
2000年第五次人口普查，君山区总人口207174人，其中：柳林洲镇56057人，广兴洲镇35193人，许市镇28027人，钱粮湖农场78086人，建新农场9811人。
2000年，撤君山农场，建柳林州镇；撤钱粮湖农场，建钱粮湖镇、良心堡镇、采桑湖镇，交君山区管辖。9月11日，钱粮湖农场和军山区完成合并对接；10月底，钱粮湖镇、良心堡镇、采桑湖镇相继挂牌成立。随后柳林州镇、西城办事处挂牌成立。
2001年，调整华容县和君山区的部分行政区划；新设立西城街道办事处。至此，君山区辖1个街道、6个镇：西城街道、柳林洲镇、广兴洲镇、许市镇、钱粮湖镇、良心堡镇、采桑湖镇。区政府驻柳林洲镇。
2002年底，君山区总面积718平方千米，总人口22.2万人，其中非农业人口4.5万人。辖6个镇（柳林洲、钱粮湖、采桑湖、良心堡、许市、广兴洲）、1个街道（西城），一办三小场，108个行政村、11个居委会。
2009年末，君山区总面积718.2平方千米，总人口24.77万人，辖1个街道、6个镇和2个场。其中，水产养殖场面积7.36平方千米，人口1918人；君山芦苇总场面积30平方千米，人口2857人。