西汉高祖五年（前202年）置南平县，为蓝山建县之始，隶属桂阳郡。县治在今蓝山县塔峰镇古城（城腹村），一说为土桥圩（今蓝山县土市镇）。隋大业三年（607年）南平并入临武县。
唐武德四年（621年）复置南平县。天宝元年（742年），改南平县为蓝山县，因境内“山岭重叠，荟蔚苍萃，浮空如蓝”而得名。属郴州。南宋绍平年间（1228～1233年），迁县城于今治。清属桂阳州。
1914年属衡阳道，1940年属第三行政督察区，1949年属郴州专区。1959年，蓝山县与嘉禾县合并为蓝嘉县。1961年7月复置蓝山县。1962年12月，蓝山县划归零陵专区管辖。现属永州市管辖。
1996年，蓝山县面积1806平方千米，人口约33.6万人，其中少数民族人口2万人，大部分是瑶族。辖6个镇、9个乡（其中5个民族乡）：塔峰镇、竹管寺镇、楠市镇、毛俊镇、新圩镇、所城镇、太平圩乡、土市乡、祠堂圩乡、大桥乡、荆竹瑶族乡、紫良瑶族乡、浆洞瑶族乡、汇源瑶族乡、犁头瑶族乡。县政府驻塔峰镇。
2000年第五次人口普查，蓝山县总人口332937人，其中：塔峰镇77809人，竹管寺镇32727人，毛俊镇32282人，楠市镇28899人，所城镇23403人，新圩镇40796人，汇源乡2425人，犁头乡2258人，浆洞乡4318人，紫良乡2362人，大桥乡6477人，荆竹乡3528人，祠堂圩乡18562人，土市乡31452人，太平圩乡25639人。
2004年末，蓝山县辖6个镇、9个乡（其中6个民族乡）：塔峰镇、竹管寺镇、楠市镇、毛俊镇、新圩镇、所城镇；太平圩乡、土市乡、祠堂圩乡、大桥瑶族乡、荆竹瑶族乡、紫良瑶族乡、浆洞瑶族乡、汇源瑶族乡、犁头瑶族乡。