据《今县释名》：“陈置麻阳戌，唐因置县，县治在麻溪口，……麻伊溪原出芷江县界，北入辰水，县以此名。”南朝陈天嘉三年（562），置麻阳戍。唐武德三年（620）废麻阳戍，置麻阳县。1988年10月31日，国务院批准撤销麻阳县，设立麻阳苗族自治县。
1996年，麻阳苗族自治县面积1586平方千米，人口约34.5万人，其中苗族人口26.4万人，占76.6%。辖6镇18乡：高村镇、锦和镇、岩门镇、江口墟镇、兰里镇、吕家坪镇；拖冲乡、尧市乡、文昌阁乡、长潭乡、郭公坪乡、谭家寨乡、石羊哨乡、舒家村乡、大桥江乡、隆家堡乡、板栗树乡、和平溪乡、黄双乡、高村乡、兰村乡、栗坪乡、谷达坡乡、绿溪口乡。县政府驻高村镇。
2000年第五次人口普查，麻阳苗族自治县总人口335027人，其中：高村镇33526人，锦和镇17378人，江口圩镇16839人，岩门镇18998人，兰里镇23683人，吕家坪镇17466人，郭公坪乡14946人，长潭乡9617人，拖冲乡9727人，尧市乡10748人，文昌阁乡11325人，大桥江乡9825人，舒家村乡9797人，隆家堡乡11362人，谭家寨乡10968人，石羊哨乡10659人，板栗树乡11931人，谷达坡乡8651人，高村乡16051人，兰村乡8353人，栗坪乡9939人，绿溪口乡15392人，和平溪乡12220人，黄桑乡15626人。
2004年，全县辖6个镇、18个乡：高村镇、锦和镇、江口墟镇、岩门镇、兰里镇、吕家坪镇、郭公坪乡、长潭乡、拖冲乡、尧市乡、文昌阁乡、大桥江乡、舒家村乡、隆家堡乡、谭家寨乡、石羊哨乡、板栗树乡、谷达坡乡、高村乡、兰村乡、栗坪乡、绿溪口乡、和坪溪乡、黄桑乡。县政府驻高村镇。