亚东，又称卓木，藏语意为“旋谷、急流的深谷”。历史上曾隶属于帕里宗、而亚东只是卓木山谷里的一个小村。1888年英军入侵西藏，亚东遂被英帝国强行辟为商埠。
1960年撤销亚东谿和帕里宗，合并设立亚东县。6月，亚东县人民政府成立，隶属江孜地区专署。1964年5月，江孜地区与日喀则地区合并，亚东划归日喀则地区至今。
1997年，全县辖2镇5乡，5个居委会、20个行政村：下司马镇、帕里镇、堆纳乡、吉汝乡、康布乡、上亚东乡、下亚东乡。县政府驻下司马镇。
2000年第五次人口普查，全县总人口12038人，其中：帕里镇2272人、下司马镇2783人、堆纳乡2399人、吉汝乡768人、康布乡992人、上亚东乡1454人、下亚东乡1370人。
2005年末全县总人口11953人，其中非农牧业人口2235人。2006年，全县辖2个镇、5个乡：下司马镇、帕里镇、下亚东乡、堆纳乡、上亚东乡、吉汝乡、康布乡。共有5个居委会、20个行政村。县政府驻下司马镇下司马居委会。
2007年末全县户籍总人口12189人。2009年，全县辖2个镇、5个乡，5个居委会、20个行政村。