1997年5月8日，国务院批准（国函[1997]33号）撤销太原市南城区、北城区、河西区、南郊区、北郊区，设立太原市小店区、迎泽区、杏花岭区、尖草坪区、万柏林区、晋源区。小店区辖原南城区的坞城、北营、双塔3个街道，原南郊区的亲贤、黄陵、小店、西温庄、刘家堡、北格6个乡镇及原南郊区小店镇昌盛西街。
1998年底，小店区辖3个街道办事处，107个居委会，6个乡、镇，98个村委会，112个自然村，全区人口35.5万，其中非农业人口21.9万，农业人口13.6万，全区面积295平方千米，其中建成区面积24.7平方千米。
？年，小店区辖3个街道、2镇、4乡，98个村委会、110个居委会。
2000年第五次人口普查，小店区总人口491250人，其中（5个街道、2镇、2乡）：坞城街道 101757 人，营盘街道 83002 人，北营街道 37746 人，平阳街道 74313 人，黄陵街道 39257 人，小店镇 60439 人，北格镇 37196 人，西温庄乡 25498 人，刘家堡乡 32042人。
2001年，亲贤乡、黄陵乡、小店镇改设为街道办事处，调整后辖2乡1镇6个街道办事处。
2004年底，小店区辖6个街道、1个镇、2个乡：小店街道、坞城街道、北营街道、营盘街道、平阳路街道、黄陵街道；北格镇；西温庄乡、刘家堡乡。