先秦地属百越，汉属合浦郡，南朝属黄州。隋属钦州、安海县。明代以圩名置防城巡司。清划钦州西部设防城县，属广东省。1951年划入广西省，1955年再入广东省。
1950年分设县级东兴市，1952年撤市并入防城县。1957年分设防城县（县政府驻防城镇）、十万山僮族瑶族自治县（县政府驻东兴镇）。1958年十万山僮族瑶族自治县改为东兴各族自治县，同年防城县并入东兴各族自治县，县政府驻东兴镇。1965年防城各族自治县划归广西管辖，1978年12月25日更名为防城各族自治县，县政府移驻防城镇。1984年设防城港区。
1993年5月23日，国务院批准，撤销防城各族自治县，设立防城港市（地级）、港口区、防城区，将钦州地区的上思县划归防城港市【即：撤销防城各族自治县和防城港区，设立地级防城港市和港口区、防城区。原防城各族自治县划分为防城区和东兴经济开发区（县级）】。1996年4月29日，民政部批准（民行批[1996]26号）：设立东兴市（县级），以防城港市防城区的东兴、江平、马路3个镇的行政区域为东兴市的行政区域；6月3日，自治区人民政府同意东兴市由地级防城港市代管。
2000年第五次全国人口普查，防城港市总人口735952人。其中：港口区106403人、防城区316111人、上思县205307人、东兴市108131人。