1996年撤县设市，全市共辖城镇、崇兴、新华桥、磁窑堡、马家滩等5镇和临河、梧桐树、东塔、杜木桥、郝家桥、郭家桥、大泉、白土岗、五里坡等9乡。
2000年，灵武市辖5个镇、9个乡。总人口249890人，各乡镇人口： 城镇 30986 新华桥镇 23753 崇兴镇 17325 磁窑堡镇 30079 马家滩镇 11199 东塔乡 18271 梧桐树乡 20464 杜木桥乡 16257 郝家桥乡 19651 郭家桥乡 17230 大泉乡 7545 临河乡 7366 五里坡乡 4755 白土岗乡 9275 羊泉墩虚拟乡 4251 灵武农场虚拟乡 10064 长庆局油气处虚拟乡 1419 （根据第五次人口普查数据；单位：人）
2004年9月，原灵武市临河镇横城村已正式划归兴庆区掌政镇管辖。横城村东靠水洞沟，西靠黄河，南靠临河镇十八村，北靠明长城，南北宽3.5千米，东西长15千米，总面积约50多平方千米，人口547人。
2005年8月18日，磁窑堡镇正式更名为宁东镇。