西周时属钟离国。秦属九江郡，今市境设有曲阳、钟离、阴陵、东城等县。南北朝时境内曾置有南谯州。隋开皇初年改南谯州为滁州。因滁水为名。元属河南江北行省。明为凤阳府和滁州直隶州，分别管辖有凤阳、临淮、定远、天长和来安、全椒等县。清初属江南省左布政使司，康熙六年(1667年)改属新设立的安徽省。1912年撤滁州改滁县。
抗日战争时期，市境为淮南抗日根据地，先后成立了津浦路东联防办事处、津浦路西联防办事处、淮南行政公署以及滁县、来安、全椒、天长、凤阳、定远、嘉山、定东南、滁全、定凤怀等县抗日民主政府。1949年1月，全境相继解放。
1949年6月设滁县专区，属皖北行署区。滁县专署驻滁县。辖滁县、来安（驻新安镇）、江浦、全椒（驻襄河镇）、定远（驻定城镇）、凤阳（驻府城镇）、嘉山（驻明光镇）、盱眙、炳辉（原天长县改称）等9县。人口187.8万人。1952年滁县专区属安徽省领导，原巢湖专区所属肥东县划入滁县专区，将江浦县划归江苏省扬州专区。1955年将盱眙县划归江苏省淮阴专区。
1956年撤销滁县专区，将滁县、来安、嘉山、炳辉、全椒、定远、凤阳、肥东8县划归蚌埠专区。1961年复设滁县专区，专署驻滁县。原蚌埠专区所属滁县、嘉山（驻明光镇）、来安（驻新安镇）、天长（驻天长镇）、全椒（驻襄河镇）、定远（驻定城镇）、凤阳（驻府城镇）7县及原由合肥市领导的肥东县（驻店埠镇）划入滁县专区。1965年将肥东县划归巢湖专区。
1971年滁县专区改称滁县地区，地区驻滁县。辖滁县、嘉山（驻明光镇）、天长、来安（驻新安镇）、全椒（驻襄河镇）、定远（驻定城镇）、凤阳（驻府城镇）等7县。1982年改滁县为县级滁州市。
1992年12月20日，国务院批准撤销滁县地区、滁州市，设立滁州市(地级)、琅琊区、南谯区，新设的滁州市辖琅琊区、南谯区，及原滁县地区的天长县、来安县、金椒县、定远县、凤阳县、嘉山县。
1996年，面积13524平方千米，人口407.6万，市政府驻琅琊区。辖琅琊、南谯2区和定远、凤阳、来安、全椒4县，代管天长、明光2个县级市。
2000年第五次全国人口普查，滁州市总人口4001488人；琅琊区246424人，南谯区247311人，来安县449188人，全椒县413220人，定远县801966人，凤阳县683049人，天长市590745人，明光市569585人。
2004年底，全市共有16个街道、86个镇、78个乡。