福贡因县西有高黎贡山，取“幸福的高黎贡山”意命名。西汉属越崔郡地。东汉属永昌郡地。三国两晋属云南郡地。唐南诏属谋统(今鹤庆)铁桥节度地。宋大理国属丽江临西县(今维西县)地。清康熙早间分属鹤庆府地、丽江府维西守备厅。
民国元年（1912年），怒俅殖边队第一小队进驻上帕（今县城）设立上帕殖边公署，福贡开始设治。民国五年（1916年）改为上帕行政公署，民国十七年（1928年）改称康乐设治局，民国二十四年（1935年）改称福贡设治局。
1949年6月和平解放。新中国成立后改为福贡县，属丽江专区；1952年改设福贡傈僳族自治区；1954年改县。1956年隶属怒江傈僳族自治州。1986年碧江县建制撤消，其地北部架科底区、子里卡区、匹河区并入北边的福贡县，南部古登区、洛本区并入泸水县。
1996年，福贡县面积2725平方千米，人口约8.7万人，傈僳族占71.2%，怒族占20%。辖1个镇、6个乡（其中1个民族乡）：上帕镇、马吉乡、利沙底乡、鹿马登乡、架科底乡、子里甲乡、匹河怒族乡。县政府驻上帕镇。
2000年第五次人口普查，福贡县常住总人口88127人，其中：上帕镇26075人、匹河乡9864人、子里甲乡8801人、架科底乡10520人、鹿马登乡12977人、利沙底乡11214人、马吉乡8676人。
2004年9月30日，《关于福贡县利沙底乡更名为石月亮乡的批复》（云政复[2004]96号）同意福贡县利沙底乡更名为石月亮乡。
2006年，福贡县面积2804平方千米，人口9.3万人。辖1个镇、6个乡（其中1个民族乡）：上帕镇、匹河怒族乡、子里甲乡、架科底乡、鹿马登乡、石月亮乡、马吉乡。共有57个行政村。
2010年第六次人口普查，福贡县常住总人口98616人，其中：上帕镇30129人，匹河乡10434人，子里甲乡10513人，架科底乡13414人，鹿马登乡13895人，石月亮乡11533人，马吉乡8698人。
2014年，上帕镇被列为全国重点镇。