西周建制始为蓼国，故称蓼城。南朝梁置霍邱戌。隋开皇十九年（599年）置霍邱县。据《读史方舆纪要》：“志云：周成王时，霍叔迁于此，县因以名。”
1997年，霍邱县面积3774平方千米，人口155.7万，辖14镇22乡：城关镇、长集镇、叶集镇、河口镇、姚李镇、临水镇、周集镇、马店镇、石店镇、扈胡镇、新店镇、孟集镇、洪集镇、花园镇、孙岗乡、三元乡、众兴乡、曹庙乡、夏店乡、岔路乡、乌龙乡、龙潭乡、高塘乡、白莲乡、邵岗乡、冯井乡、三流乡、范桥乡、潘集乡、彭塔乡、冯瓴乡、宋店乡、王截流乡、姜家湖乡、城西湖乡、朱港乡。县政府驻城关镇。
1998年12月4日，安徽省委、省政府批准在叶集设立全省第一个改革发展试验区，行使县级管理权限，直属当时的六安地委、行署领导。
2000年第五次人口普查，全县总人口1461066人，其中（22个镇、14个乡）：城关镇101571人，河口镇23775人，周集镇29333人，临水镇47637人，新店镇65040人，石店镇44838人，马店镇35527人，孟集镇44962人，花园镇33195人，扈胡镇51399人，长集镇28981人，洪集镇35456人，姚李镇47059人，乌龙镇32316人，高塘镇47933人，龙潭镇35179人，岔路镇26964人，冯井镇51793人，众兴集镇28929人，夏店镇29770人，曹庙镇27526人，叶集镇82392人，朱港乡35817人，王截流乡44269人，范桥乡28832人，姜家湖乡43527人，城西湖乡47712人，宋店乡40041人，三流乡30809人，邵岗乡26407人，白莲乡29616人，潘集乡41721人，冯瓴乡40770人，彭塔乡35211人，孙岗乡36510人，三元乡28249人。
2004年，霍邱县乡镇由36个调整为35个（22个镇、13个乡）：撤销朱港乡，将朱港乡整建制并入周集镇。
2007年底，全县总面积3493.16平方千米，总人口1602132人，辖32个乡镇，25个社区、680个行政村，3652个村民组。2008年底，全县总面积3493.16平方千米，总人口1625290人，辖32个乡镇，25个社区、680个行政村，3652个村民组。（数据均不包括叶集经济开发区在内）