2001年，大兴、怀柔、平谷3县撤县设区。
至2001年底，北京市辖东城、西城、宣武、崇文、海淀、朝阳、丰台、门头沟、石景山、房山、通州、顺义、昌平、大兴、怀柔、平谷等16个市辖区和延庆、密云等2个县。全市共有129个街道、125个镇、40个乡、5个民族乡。
县级以上行政区划一览
16市区
东城区 西城区 崇文区 宣武区 朝阳区
海淀区 丰台区 门头沟区 石景山区 房山区（良乡镇）
通州区（通州镇） 顺义区（城关镇） 昌平区（昌平镇） 大兴区（黄村镇） 怀柔区
平谷区
2县
延庆县（延庆镇） 密云县（密云镇）
县级以上行政区划变更情况
★ 2001年1月9日，国务院（国函[2001]4号）批复：同意撤销大兴县，设立大兴区，以原大兴县的行政区域为大兴区的行政区域。区人民政府驻黄村镇。
★ 2001年12月30日，国务院（国函[2001]175号）批复：同意撤销怀柔县，设立北京市怀柔区，以原怀柔县的行政区域为怀柔区的行政区域。区人民政府驻城关镇。
★ 2001年12月30日，国务院（国函[2001]176号）批复：同意撤销平谷县，设立北京市平谷区，以原平谷县的行政区域为平谷区的行政区域。区人民政府驻城关镇。